Azərbaycan Respublikasının Tranzit Yükdaşımalar üzrə Koordinasiya Şurasının əsas məqsədləri aşağıdakılardır:

• tranzit yüklərin ölkə ərazisindən keçən nəqliyyat dəhlizlərinə cəlb olunmasını və yüksək keyfiyyətlə daşınmasını, yeni tranzit imkanlarının yaradılmasını təmin etmək;

• tranzit yüklərin dəmir yolu və dəniz nəqliyyatı ilə daşınması, liman qurğuların istismarı, dəniz terminallar tərəfindən yükaşırma və dəniz limanında göstərilən digər xidmətlərlə  bağlı vahid tarif siyasətini həyata keçirmək;

• ölkənin dəmir yolları, dəniz nəqliyyatı, dəniz limanları və dəniz terminalları vasitəsilə həyata keçirilən tranzit yükdaşımalar sahəsində nəqliyyat müəssisələrinin, daşıyıcıların, ekspeditorların və operatorların qarşılıqlı fəaliyyəti üçün vahid prinsipləri və şərtləri müəyyən etmək;

• ölkənin dəmir yolları, dəniz nəqliyyatı, dəniz limanları və dəniz terminalları vasitəsilə həyata keçirilən tranzit yükdaşımalar sahəsində nəqliyyat infrastrukturunun inkişafı, daşıma proseslərini idarəetmə sistemlərinin təkmilləşdirilməsi və səmərəliliyinin artırılmasını təmin etmək;

• ölkənin dəmir yolları, dəniz nəqliyyatı, dəniz limanları və dəniz terminalları vasitəsilə həyata keçirilən tranzit yükdaşımaların inkişafına maneələrin aradan qaldırılması ilə bağlı tədbirlər görmək;

• ölkənin dəmir yolları, dəniz nəqliyyatı, dəniz limanları və dəniz terminalları vasitəsilə həyata keçirilən tranzit yükdaşımalar sahəsində mövcud infrastruktur obyektlərinin potensialından maksimum istifadə edilməsinə əlverişli imkanlar yaratmaq;

• dəmir yolları, dəniz nəqliyyatı, dəniz limanları və dəniz terminalları vasitəsilə tranzit yükdaşıma iştirakçılarının hüquqlarının müdafiəsini təmin etmək.